Влітку 1941 року інститут завершував черговий навчальний рік. Та війна перервала злагоджений ритм творчого життя. На світанку 22 червня на Житомир, як і на багато інших міст країни, впали перші бомби.

Того ж дня в інституті відбувся мітинг, на якому присутні засудили агресію фашистської Німеччини і поклялися віддати свої сили і навіть життя для захисту Вітчизни. Від викладачів і студентів масово стали надходити заяви про відправку їх у діючу армію. Сотні вихованців інституту у перші ж дні війни поповнили ряди Червоної Армії і Флоту, записувались у народне ополчення, з їх складу комплектувалися санітарні загони, винищувальні батальйони.

Останні державні екзамени проходили вже під вибухами ворожих бомб. Але вчорашні студенти з дипломами вчителів ішли не в шкільні класи, а брали до рук зброю і відправлялися складати найпочесніший і найскладніший у своєму житті екзамен — на вірність Вітчизні. Багато з них вступали у винищувальний батальйон, який займався виявленням і знищенням ворожих шпигунів і диверсантів. Командував ним викладач інституту майор О. О. Павловський. Штаб батальйону розмістився в студентському гуртожитку (нині гуртожиток № 1).

Приміщення інституту терміново переобладнали у військовий госпіталь, санітарами в якому стало багато вчорашніх студентів.

5 липня почався масовий ворожий обстріл Житомира. Багато студентів разом із мешканцями міста, рятуючись від небезпеки фашистського поневолення, пішки пробиралися на схід і пізніше вступали в діючу армію. Ешелоном було відправлено військовий госпіталь. В складних умовах евакуації в госпіталі працював викладач інституту капітан медичної служби І. В. Перчук. Останніми залишили Житомир викладачі О. К. Касименко, пізніше відомий учений-історик України, директор інституту історії АН УРСР; Б. Д. Суркіс і С. Л. Близнюк.

У роки Великої Вітчизняної війни викладачів, студентів, співробітників та випускників педінституту можна було зустріти на всіх фронтах, у партизанських загонах, підпільних організаціях і групах на тимчасово окупованій території.

Заступник директора інституту О. П. Боярко очолював Чернівецький підпільний обком партії, другий заступник Ю. О. Ковмір був комісаром партизанського з’єднання, випускники Г. П. Міщенко — керівником підривної диверсійної групи, Володимир Плотницький — у складі молодіжної підпільної організації Житомирського району.

Про славні подвиги студентів педінституту в роки війни свідчить той факт, що лише третьокурсники історичного факультету одержали 68 орденів і понад 150 медалей. Прикладом стійкості й мужності може бути бойова біографія студентки-заочниці, зв’язкової Житомирського підпільного обкому партії Марії Тишкевич. Дівчина разом зі своєю сестрою виготовляла фіктивні документи, майстерно підробляла підписи фашистських чиновників, чим врятувала багатьох молодих людей від примусової роботи у фашистській Німеччині. Вона потрапила у фашистські катівні, але ніякі тортури не змусили її видати підпілля. Марія прийняла смерть як мужня патріотка. Похована у братській могилі на Богунії.

Сотні вихованців, десятки викладачів і співробітників інституту полягли смертю хоробрих у боях за честь і незалежність Вітчизни. Загинули директор інституту А. В. Павловський, його заступники О. П. Боярко, В. П. Виноградов, Г. П. Ємсенко, директор робітфаку С. Т. Пархомчук, викладачі Б. Д. Суркіс, В. Д. Добривечір та інші. Колектив інституту свято береже їх світлу пам’ять: біля головного корпусу встановлено пам’ятний знак на честь викладачів, студентів та співробітників, які полягли в боях за Вітчизну у 1941-1945 роках.

У ніч на 1 січня 1944 року місто звільнили від німецько-фашистських загарбників. Серед його визволителів були М. С. Бовсунівський — у майбутньому доцент кафедри історії і політекономії, П. К. Сербін — професор кафедри теорії та світової літератури, О. О. Бойко — доцент кафедри української літератури, І. Т. Ярош — старший викладач кафедри педагогіки.

Після визволення Житомир лежав у руїнах. Зруйнованими були корпуси інституту з його кабінетами, лабораторіями, бібліотекою, житлові будинки викладачів, студентський гуртожиток. Але із самого початку уряд України, місцеві органи влади вжили заходів для відновлення діяльності вищого навчального закладу. Вже влітку 1944 року він комплектується викладачами й співробітниками, проводиться прийом студентів.

Новий, перший після визволення навчальний рік інститут розпочав 1 вересня 1944 року у складі 9 кафедр, які об’єднували 31 викладача. Було відкрито 2 факультети: історичний і мовно-літературний з відділами української й російської мов і літератур. У складі педвузу за окремою програмою працював з тими ж факультетами вчительський інститут. Директором інституту призначили професора В. В. Чуприну, заступниками — Ю. А. Ковміра та І. І. Шанюка. Тоді ж до інституту прибули нові викладачі: доцент М. І. Петровський, який незабаром почав завідувати кафедрою марксизму-ленінізму, завідувачі кафедр української літератури Д. А. Коломієць, іноземних мов О. М. Семенова, військової підготовки М. М. Лапшин, викладачі С. І. Лосєв, М. П. Бершій, Т. М. Рибаков, Н. М. Баришполь та інші.

Це був рік другого народження інституту. Спочатку вищий навчальний заклад розміщувався у підвальному приміщенні сільськогосподарського інституту, а згодом — у приміщенні Житомирської школи № 20. Серед викладачів були один професор і чотири доценти, решта не мала наукових ступенів і вчених звань. Навчалося 168 осіб на стаціонарному і 545 на заочному відділеннях.

У надзвичайно складних умовах працював інститут у перші повоєнні роки. Без світла й опалення, в аудиторіях із забитими фанерою вікнами читалися лекції, йшли практичні заняття, готувалися дисертації, виголошувалися наукові доповіді й повідомлення. Студенти слухали лекції й писали конспекти, сидячи на долівці. Не вистачало 16 викладачів, бракувало навчального обладнання, аудиторій, квартир для працівників, гуртожитків для студентів. Викладачі й студенти самі виготовляли столи й парти, вставляли вікна й двері. Багато праці доклав колектив для відновлення бібліотеки, якою завідувала Н. В. Козловська.

Після переможного завершення Великої Вітчизняної війни країна відчувала гостру потребу в учительських кадрах, і це поставило перед педагогічними вищими навчальними закладами нові завдання. Як повідомляв Міністерству освіти України новий директор Житомирського педінституту Е. Е. Фіалко, в 1945 році за стаціонарною формою навчалося 453 студенти, з них 46 осіб — інвалідів війни. Як про значні досягнення, писалося у звіті про те, що вже всі вікна засклені і навіть є подвійні рами, студенти мають простирадла, хоч не було подушок. Викладачі і студенти самі відремонтували навчальний корпус, заготовили на зиму дрова, зібрали врожай у підсобному господарстві, взяли участь в очищенні й озелененні міста.

У 1946 році директором інституту було призначено Ю. О. Ковміра, заступником з навчальної і наукової роботи П. Т. Маркушевського, деканом філологічного факультету обрано С. Т. Радчука-Павленка, історичного — К. О. Кисельова. В 1947 році кафедрами російської мови керували М. Б. Храмой, педагогіки — Н. І. Михайлова, нової історії — кандидат історичних наук Л. А. Коваленко, російської і зарубіжної літератури — С. Т. Радчук-Павленко. Поступово у вищому навчальному закладі налагоджувалися умови життя, праці і навчання.

У 1948 році в інституті після 16-річної перерви відновив роботу фізико-математичний факультет у складі кафедр фізики й математики. Першим його деканом був В. М. Костарчук. У 1949 році відкрили факультет іноземних мов, який незабаром відокремився в самостійний інститут.

У 1950 році контингент студентів перевищував 2 тисячі осіб. З відривом від виробництва в інституті навчалося 770 і заочно — 1262. Відповідно збільшувався випуск педагогів. Того ж року вищий навчальний заклад дав країні 472 фахівці, 60 відсотків яких одержали призначення у західні області України.

Поліпшилася навчальна і науково-методична робота. В 1958 році виходить IX (перший повоєнний) том «Наукових записок» (серія фізико-математична). В цей час особливо плідно працювали доцент Л. А. Коваленко, В. М. Прилипко, В. І. Півторадні та Б. І. Хацет, праці яких привертали увагу широкої наукової громадськості. Викладачі підготували ряд методичних посібників для студентів. Серед них — «Вивчення драматургії О. Корнійчука в середній школі» В. І. Півторадні, скорочений курс лекцій «Старослов’янська мова» доцента Т. В. Баймута. Кафедра української мови разом із старшокурсниками здійснила експедицію для вивчення говорів Житомирщини.

Особливістю наукового пошуку викладачів стало вивчення історії Поліського краю. Цьому присвятили «Наукові записки» 1957 року, які вмістили статті краєзнавчого характеру.

За післявоєнний період, до 1957 року включно, інститут видав 7 томів «Наукових записок», які засвідчили зростання наукової роботи педагогічного колективу. У 1955–1957 роках викладачами було опубліковано 109 наукових і науково-методичних праць.

Протягом усіх повоєнних років першість за успішністю і громадською роботою утримував історичний факультет, який комплектувався переважно з колишніх фронтовиків і партизанів. У 1948–1950 роках тільки відмінників було 39 осіб, які закінчили інститут з відзнакою. За 14 повоєнних років 1,6 тисячі студентів здобули освіту без відриву від виробництва.

У 1956 році історичний факультет було переведено до Луцького педагогічного інституту.

Юнаки та дівчата брали активну участь у громадському житті й господарській діяльності. Майже щороку вони допомагали колгоспам збирати врожай, їздили на цілинні землі, працювали на дитячих майданчиках і в кімнатах міліції, відбудовували центральну садибу інституту, навчальні корпуси, бібліотеку, їдальню.

Поліпшувалися матеріально-побутові умови студентів. У 1954 році став до ладу перший гуртожиток на 250 місць. Поповнився книжковий фонд інститутської бібліотеки. Набрала розмаху спортивно-масова робота.

Поступово піднімався з руїн головний корпус. Тільки у 1959 році викладачі й студенти відпрацювали 48 тисяч людиноднів. Крім того, зусиллями майбутніх учителів упорядковувалися головні магістралі міста, парк культури й відпочинку, стадіон.

Колектив інституту розширював наукові, творчі зв’язки з ученими різних вищих навчальних закладів країни. Лекції для студентів читали науковці Москви, Ленінграда, Києва, Одеси. Систематичний обмін «Науковими записками» налагодився з колективами педінститутів Вінниці, Ізмаїла, Одеси, Миколаєва, Кам’янця-Подільського, Чернігова. Делегації Житомирського педінституту побували у вузах Мінська, Москви, Ленінграда, Гомеля, Волгограда.

В інституті з літературними концертами виступав народний артист України О. П. Юра–Юрський, відбулися зустрічі з письменниками М. Рильським, А. Малишком, В. Кучером, В. Сосюрою, Л. Первомайським, М. Нагнибідою, В. Козаченком, С. Олійником, Г. Бойком, П. Сєверовим.