Проголошення незалежності України в 1991 році поставило перед навчальним закладом нові завдання щодо зміни стилю керівництва, структурної перебудови, вдосконалення навчальних програм, створення нових підрозділів. Головним завданням професорсько-викладацького складу в 90-ті роки стало забезпечення такого рівня підготовки учительських кадрів, який би в повній мірі відповідав освітньо-кваліфікаційним характеристикам і державним стандартам.

Інститут до 1999 року здійснював підготовку фахівців освітньо-кваліфікаційного рівня «спеціаліст» на базі повної середньої освіти. З 1 вересня 1999 року, вже маючи статус університету, розпочав підготовку на контрактній, а з 1 вересня 2000 року на державній основі магістрів на базі освітньо-кваліфікаційного рівня «спеціаліст». У зв’язку з цим розроблено навчальні плани та програми.

На початку 90-х років у складі інституту було 5 факультетів, підготовче відділення, 22 кафедри, на яких працювало 289 викладачів. Серед них 10 докторів наук, професорів, 114 кандидатів наук, доцентів, три заслужених працівники вищої школи, народної освіти та культури України. Це становило 42,9 відсотка всього викладацького складу.

У 2001 році в університеті уже працювало 307 викладачів, 176 з яких мали наукові ступені і вчені звання, що становило 57,3 відсотка від усього професорсько-викладацького складу. Серед них — академік НАН України, академік АН вищої школи, академік Міжнародної акмеологічної академії, два члени-кореспонденти НАН України, член-кореспондент Академії сільськогосподарських наук України, 28 докторів наук, професорів, 148 кандидатів наук, доцентів, 8 заслужених працівників України (освіти, вищої школи, культури та фізичної культури), понад 40 відмінників освіти України, молоді вчені — стипендіати Кабінету Міністрів України й фонду «Відродження». За 90-ті роки кількість викладачів з науковими ступенями і вченими званнями зросла на 14 відсотків.

За період з 1991-го по 2001 рік число кафедр зросло з 22 до 31, а кількість спеціальностей і спеціалізацій з 13 до 21. Зокрема, в ці роки ввели нові спеціальності: українська мова і література та українознавство, українська мова і література та соціальна педагогіка, українська мова і література та історія, історія та українська мова і література, початкове навчання і практична психологія, математика та основи інформатики, німецька й англійська мови та літератури, українська мова і література та редагування освітніх видань, хімія і біологія та інші.

Нові умови вимагали певних змін у методиці навчання. Тому одним із пріоритетних напрямків у 90-ті роки було подальше впровадження нових технологій і активних методів навчання. Саме тому все більшого поширення у цей час набувають блочно-модульна та рейтингова системи, широко впроваджувалися дидактичні, рольові та ділові ігри.

На практичних заняттях з педагогіки використовувались навчальні технології дослідження, взаємодії та конструювання. Робота кафедри педагогіки з упровадження нових технологій навчання стала основою для підготовки практикуму з педагогіки, який у 1995 році був виданий Інститутом системних досліджень Міністерства освіти України.

Дедалі ширше впроваджується в навчальний процес комп’ютерна техніка. На фізико-математичному факультеті введено курс із застосування комп’ютерної техніки в навчальному процесі, в якому використовуються пакети навчальних і прикладних програм, розроблених на кафедрах математики й інформатики та фізики. На кафедрі психології широко використовуються пакети програм для проведення психологічних тестів. Студентами магістратури й аспірантами всіх спеціальностей вивчається курс з використання комп’ютерної техніки в науково-дослідній роботі. Комп’ютерні технології також використовуються при проведенні контрольних робіт та виконанні комплексних контрольних завдань.

Якщо на початку 90-х років налічувалося 104 комп’ютери, то в 2001 році — 230, зокрема на кафедрах університету розміщено 13 комп’ютерних класів на 203 дисплейних місця, переважна більшість яких має значно кращі технічні можливості, ніж ті, які були раніше. Викладачі й студенти мають змогу входити в Internet, користуватися електронною поштою. Завершується створення корпоративної комп’ютерної мережі. Почав працювати відділ експлуатації баз даних, комп’ютерних мереж та оргтехніки.

Впровадженню сучасних технологій у практику навчання іноземній мові не лише в інституті, а й у навчальних закладах області в значній мірі сприяв центр самопідготовки вчителя іноземної мови. Він був створений у 1995 році. Центр включає в себе 5 лабораторій: сучасних техзасобів навчання іноземною мовою, навчання німецькою мовою, навчання англійською мовою, шкільний типовий кабінет іноземної мови, англійську класну кімнату. Нині в центрі, який став методичною лабораторією, обладнаною сучасними аутентичними комплектами підручників, літературою, аудіо- та відеоматеріалами, систематично працюють студенти й 120 учителів області. На його базі регулярно проводяться семінари з нових технологій навчання іноземною мовою, конференції. Центр тісно співпрацює з Британською радою, Американським Домом, Інтернаціональним Домом, Корпусом Миру, Фондом «Відродження», зарубіжними видавництвами, є членом міжнародної організації TESOL. З участю центру відбулися Всеукраїнська олімпіада з іноземних мов учнів середніх шкіл (1996 р.) і Всеукраїнський конкурс на кращого вчителя іноземної мови року (1997 р.).

Упровадження сучасних технологій навчання сприяло активізації самостійної роботи студентів, спонукало їх до наукових пошуків, що дало свій позитивний результат. Лише за 1997–2001 роки студенти вибороли 40 призових місць на Всеукраїнських предметних олімпіадах з математики, фізики, інформатики, біології, хімії, психології, практичної психології, англійської мови, педагогіки, української мови і літератури, німецької мови, соціальної педагогіки. В 1998–2001 роках вони неодноразово перемагали також у Всеукраїнському конкурсі студентських наукових робіт з педагогіки та психології, лише у 2001 році студенти університету вибороли на Всеукраїнських предметних олімпіадах 12 призових місць.

На Всесоюзних студентських олімпіадах Олександр Сарана поділив перше місце зі студентом Московського університету імені Ломоносова, а Дмитро Степанчиков — перше місце зі студентом Новосибірського університету.

Студенти, аспіранти та викладачі беруть участь у конкурсах на стажування та навчання за кордоном. За останні роки вони побували на стажуванні в Сполученому Королівстві, США, Німеччині, Австрії, Франції, Польщі.

Основними напрямками науково-дослідної роботи університету є проблеми теорії і методики навчання і виховання учнів загальноосвітніх шкіл, шляхи удосконалення фахової підготовки майбутніх учителів, питання методики навчання у вищій школі, історичне краєзнавство, проблеми національної самосвідомості в українській художній літературі, лексика поліських говорів, біологічні основи охорони та раціонального відтворення фауни України, проблеми дослідження словникового складу сучасної англійської мови, одержання напівпровідникових сполук, рідких кристалів і дослідження їх фізичних властивостей та інші. Кафедрою історії та політології в 1999 році завершена тема «Етносоціальний розвиток Волині в кінці XVIII — на початку XX ст.», яка фінансувалася із державного бюджету Міністерством освіти і науки України.

Підготовка науково-педагогічних кадрів здійснюється через аспірантуру університету й аспірантури та докторантури навчальних закладів і наукових установ України. Аспірантуру в нашому навчальному закладі відкрито у 1992 році, де сьогодні на 11 спеціальностях навчається 35 осіб. Випускниками аспірантури вже захищено 23 кандидатські дисертації з української мови, теорії літератури, біології, педагогіки, германських мов і підготовлено до захисту 13. Всього ж за останні 10 років викладачами університету захищено 5 докторських і 68 кандидатських дисертацій.

З 1998 року виходить «Вісник Житомирського педагогічного університету», який є правонаступником започаткованих ще в 20-ті роки «Наукових записок» педінституту. Загалом же професорсько-викладацький склад за останні 10 років має у своєму доробку понад 5,5 тисяч публікацій наукового та навчально-методичного характеру.

У 90-ті роки кафедри активізували роботу із забезпечення навчального процесу в середній та вищій школі сучасною навчальною і методичною літературою. Лише за останні 5 років вийшли друком 126 підручників і навчальних посібників.

У робочі навчальні плани університету внесено доповнення, викликані змінами у суспільному житті України, введено систему спецкурсів, спецсемінарів і факультативів, які сприяють кращій підготовці студентів до практичної роботи. З усіх навчальних дисциплін розроблено контрольні завдання для оперативного контролю рівня і якості знань студентів, для випускних курсів — комплексні кваліфікаційні завдання. З тих навчальних предметів, з яких були відсутні типові навчальні програми, розроблені авторські.

Удосконалення навчального процесу позитивно позначається на рівні успішності студентів. У середньому за останні роки вона становить 95–96 відсотків, а якість — 50–60. Це підтверджується і результатами комплексних контрольних робіт з окремих навчальних предметів та комплексних кваліфікаційних завдань на випускних курсах під час атестації університету.

За 1990–2001 роки університет закінчили 9,9 тисячі випускників, з них шість тисяч — денну форму навчання і 3,9 тисячі — заочну. Щороку на робочі місця направляється 86-90 відсотків випускників денної форми навчання.

За останні роки зміцніла навчально-матеріальна база університету. На початку 90-х років здано в експлуатацію навчально-лабораторний корпус філологічного факультету та факультету підготовки вчителів початкових класів, у 1992 році — вставки між цим і головним навчальним корпусами, що дало змогу збільшити навчально-лабораторну площу на 1 студента із 4,5 квадратних метра в 1990 році до 9,6 квадратних метрів у 2001. До послуг студентів 5 гуртожитків на 2 тисячі місць, їдальня і буфети на 390 місць, бібліотека на 420 тисяч томів, агробіостанція. Сьогодні в університеті функціонують 89 спеціалізованих лабораторій і навчальних кабінетів, у тому числі 6 лінгафонних кабінетів, фонолабораторія та 13 комп’ютерних класів на 203 дисплейних місця.

В 2000 році за позабюджетні кошти розпочато будівництво спортивного комплексу університету, який здано в експлуатацію в 2003 році.

5 травня 1999 року Житомирський інститут згідно з Постановою Кабінету Міністрів України № 761 набув статусу педагогічного університету.

Протягом 2000 року Державна інспекція навчальних закладів Міністерства освіти і науки України проводила атестаційну експертизу університету. Згідно з експертною оцінкою за результатами атестаційної експертизи 20 грудня 2000 року Житомирський державний педагогічний університет імені Івана Франка атестовано в цілому, а також за спеціальностями денної і заочної форми навчання за IV рівнем — «Початкове навчання», «Українська мова та література», «Російська мова та література», «Англійська мова та література», «Німецька мова та література», «Математика», «Фізика», «Біологія», «Хімія» і за ІІІ рівнем — «Музична педагогіка та виховання», «Етнологія», «Психологія», «Інформатика». Атестовано також підготовче відділення.

Ентузіазм, працездатність і творчі можливості колективу університету є запорукою успішного здійснення нових завдань у третьому тисячолітті.

24 березня 2004 року Житомирський педагогічний університет згідно з Розпорядженням Кабінету Міністрів України № 172-р набув статусу Житомирського державного університету імені Івана Франка.